L'agence est divisée en quatre départements :
- Un département des études
- Un département communication et prospection
- Un département de suivi de chantier
- Un département administratif

Pour le fonctionnement de ces quatre départements, l'ataub développe des

méthodes et des règles rigoureuses de travail, des règles rigoureuses de management (définition des postes, organisation des plans de formation, etc.) et un suivi qualité des projets. Une procédure de certification ISO 9001 a été engagée pour formaliser cet effort (obtention de la certification prévue en 2008)